ضد عفونی مستقیم برج خنک کننده
یک محلول کلرینه سازگار با مواد ضدعفونی کننده موجودات زنده (با خواص پاک کنندگی) بایستی به آب در گردش اضافه گرددسپس سامانه را توسط حجمی از آب که دارای کلر با خواص آفت کشی به میزان 10 میلی گرم در لیتر است و حداقل به مدت یک ساعت در مدار به گردش درآورده و سامانه را ضدعفونی نمایند . توجه داشت باشید که در حین این کار ph آب باید بین 7 تا 7.6 نگهداری شود. به جای کلر می توان از ترکیبات برم (با خواص پاک کنندگی) به میزان 20 میلی گرم در لیتر و حداقل به مدت یک ساعت در مدار استفاده نمود . در این حال ph بایستی بین 7 تا 8.5 نگهداری شود. دستگاه را خاموش کرده و آب برج خنک کن را طبق دفع مواد شیمیایی تخلیه نمایید. آب برج خنک کننده باید تخلیه گردد. برج را مجددا از آب پر نموده و پمپ گردش آب برج خنک کن را روشن نمایید.
بیماری لژیونلا
نوعی باکتری است که به مقدار کم و به طور طبیعی در منابع طبیعی یافت می شود . ممکن است در برج های خنک کننده نیز وجود داشته باشد و کندانسور های تبخیری تکثیر شده و به حد خطرناک برسد . معمولا از طریق استنشاق از قطرات ریز آب موجود در هوا وارد ریه انسان می شود و 2 هفته دوره نهفتگی دارد . بعد علائم شبیه آنفولانزا شامل تب ، لرز و سرفه های خشک ظاهر می شود. این بیماری به طور مستقیم به افراد دیگر سرایت نمی کند و تنها از طریق سیستم های تهویه مطبوع مرکزی که می تواند بخار آب تولید کنند ایجاد می شود . حتی در چشمه های آب یا استخر های شنا این امکان وجود دارد و همچنین در بیمارستان هانیز بسیار زیاد است که باید آن را تحت کنترل و مراقبت قرار داد.